雖然 File Reporter 提供各式各樣的內建報告，您可能還是會有某些特定資訊無法以任何一種內建報告取得。自訂查詢報告正好能讓您輸入一系列的 SQL 指令，以指定報告中要包含的資訊。
自訂查詢報告使用的檔案系統和許可掃描與建立內建報告所用的相同，但會依 SQL 指令的條件來限制報告內容。自訂查詢報告甚至可以同時包含兩種不同類型掃描 (檔案系統掃描及許可掃描) 的資料。
產生報告後，您即可使用報告設計師來設計自訂查詢報告。您也可以運用 File Query Cookbook (檔案查詢短篇教學) 資源，取得由 File Reporter 社群提交的 SQL 指令及範例報告版面配置。SQL 指令及報告版面配置皆可依需求自訂。您可從報告設計師介面直接存取 File Query Cookbook (檔案查詢短篇教學)，或是瀏覽 http://www.filequerycookbook.com。